La première Mysteryland a lieu en 1993 sur le Midland Circuit de Lelystad. Elle est montée par Sander Groet, Brian Bout et leur société TNT, pas encore par ID&T : le public est là, la caisse non. ID&T entre dans l'aventure pour la deuxième édition en 1994, qui laisse elle aussi des dettes, si bien qu'il n'y a pas de Mysteryland en 1995. Le festival revient en 1996 sur l'aéroport d'Eindhoven, réduit à une nuit et tourné vers le hardcore de la scène gabber.
Suivent des années itinérantes : Bussloo, où la boue de 1997 oblige à faire venir la paille des fermes voisines, le Lingebos en 1998 avec 25 000 visiteurs, puis 35 000 en 2000. En 2002, le festival passe de la nuit au jour à Ruigoord, à Amsterdam. En 2003, il s'installe sur l'ancien terrain de la Floriade, l'exposition horticole de 2002, à Vijfhuizen dans la commune de Haarlemmermeer : 40 000 visiteurs et 12 scènes. Il n'en est plus parti.
L'identité de Mysteryland tient à la diversité : la house des débuts s'est élargie à la techno, la trance, le hardstyle, l'EDM de grande scène, puis au hip-hop dès 2006, chaque style confié à des hôtes de scène, clubs et collectifs néerlandais en tête. La marque s'exporte au Chili en 2011, puis aux États-Unis de 2014 à 2016, sur le site du Woodstock de 1969. Aux Pays-Bas, le festival devient un week-end avec camping en 2015 ; ID&T fait partie depuis 2021 du groupe Superstruct.
L'organisateur revendique plus de 125 000 visiteurs de plus de cent nationalités chaque année et plus de 250 artistes. L'édition 2025 a fait de la pyramide sa scène principale et refermé un cycle sur un message, « The only constant is change ». Le festival a ensuite sauté 2026 pour repenser son concept, en invoquant des coûts presque doublés depuis le Covid, et annonce son retour dans la Haarlemmermeer du 27 au 29 août 2027.