Medusa naît en août 2014 à Cullera, station balnéaire au sud de Valence, d'une initiative de promoteurs valenciens. Son directeur, Andreu Piqueras, a raconté avoir choisi la ville pour son potentiel de destination musicale. La première affiche réunit DJ Nano, Cristian Varela, Fatima Hajji, DJ Marta et Christian Smith.
Dès 2015, le festival mise sur le décor : un mainstage sous-marin d'une soixantaine de mètres, dont la cabine DJ loge dans la gueule d'un requin, signé par l'artiste fallero Fede Alonso. Suivent l'Atlantide en 2016, une jungle en 2017, une invasion extraterrestre en 2018 et le Queen's Castle en 2019. Après deux éditions annulées par la pandémie, l'édition 2022 est endeuillée : dans la nuit du 12 au 13 août, des rafales de vent font tomber des structures, un festivalier de 22 ans meurt et des dizaines de personnes sont blessées, l'organisation annule la suite.
Chaque édition a son thème, et le mainstage est reconstruit à neuf : Age of Times en 2023, The Dreams of Hathör pour le dixième anniversaire en 2024, Arcade Land et ses châteaux pixelisés en 2025, APSARAS en 2026, un temple inspiré d'Angkor Wat d'environ 105 m de large et 27 m de haut. Les cérémonies d'ouverture y mêlent drones, pyrotechnie et vidéo. Le festival revendique un capital resté valencien, entre les mains de ses deux associés fondateurs, selon son porte-parole en 2025.
En 2026, l'organisation a annoncé 185 000 entrées cumulées sur quatre jours et un pic de 56 000 personnes simultanées le samedi, pour 150 DJ. Le public vient surtout d'Espagne : en 2025, selon l'organisation, neuf festivaliers sur dix étaient espagnols, les étrangers venant d'abord de France. Medusa a reçu le prix du meilleur festival d'Espagne aux Vicious Music Awards en novembre 2025 et figure à la 88e place du Top 100 Festivals de DJ Mag en 2026, un classement issu du vote des lecteurs.